Sebagai perumah bagi syaitan serigala, Kyubi, tubuh dan minda Naruto kadang kala dipengaruh olehnya. Secara fizikal, Naruto mempunyai sedikit ciri-ciri Kyubi seperti tanda misai di pipinya. Matanya juga sepet seperti serigala. Naruto memiliki stamina dan daya pemulihan yang tinggi yang membolehkan Naruto sembuh daripada kecederaan parah dalam sehari dua dan luka kecil dalam beberapa saat. Memandangkan Kyubi telah dikurung dalam Naruto sejak bayi lagi, adalah tidak diketahui sejauh mana personaliti Naruto dipengaruhi oleh Kyubi. Namun, terdapat kemungkinan bahawa Kyubi menyebabkan Naruto sangat nakal dan suka mengenakan orang lain untuk mendapat perhatian dan kedegilannya untuk tidak mengaku kalah dalam mana-mana pertarungan.
Tahap chakra Naruto adalah sangat tinggi kerana Kyubi. Ebisu pernah menyatakan bahawa daya pengawalan chakra Naruto adalah lemah kerana sebahagian daripada chakranya digunakan untuk membendung chakra Kyubi yang terlalu kuat (chakra Kyubi yang luar biasa ini boleh membahayakan Naruto jika dibebaskan dengan terlalu banyak). Kakashi pula mengatakan bahawa kuantiti chakra Naruto adalah dua kali dirinya yang punya. Maka, Naruto amat sesuai mengendalikan jurus yang memerlukan banyak chakra seperti ‘Teknik Pengagihan Bayang’ (Kage Bunshin no Jutsu). Ninja lain dapat menghasilkan beberapa klon sahaja dengan sempurna kerana jurus ini mengkehendaki penggunanya membahagikan chakranya dengan tepat kepada klon-klon yang dihasilkan, berlainan pula dengan Naruto yang mampu menghasilkan 2000 klon dan pada masa yang sama, membekalkan sejumlah chakra yang mencukupi kepada setiap klon. Musang Berekor Sembilan mengawal badan Naruto.
Chakra Kyubi selalunya menjadi lebih nyata apabila Naruto menghadapi saat-saat genting untuk memastikan Naruto (dan juga Kyubi sendiri) dapat terus hidup. Kemudian nanti, Naruto berupaya menghubungi Kyubi dan meminta chakranya. Hal ini kerana walaupun Kyubi dikurung dalam badan Naruto, chakranya masih boleh mengalir keluar untuk bersebati dengan chakra Naruto. Tambahan pula, kuantiti chakra Kyubi yang hampir infiniti menyebabkan Kyubi merupakan senjata terunggul bagi Naruto dalam pertempuran yang sengit. Apabila Naruto mula menggunakan chakra Kyubi, ketangkasan dan kekuatannya meningkat secara mendadak. Kadar kecederaannya pulih turut meningkat. Oleh sebab staminanya telah bertambah berlipat ganda, Naruto boleh terus berlawan tanpa berasa letih. Naruto biasanya boleh memendamkan chakra Kyubi sebelum transformasi ekor berlaku. Seandainya hal itu terjadi, chakra Kyubi akan menjadi lebih nyata dengan masa. Beberapa kaedah boleh dilakukan untuk memendamkan semula chakra Kyubi seperti jampi pengurung Jiraiya atau teknik mengurung Yamato.
Apabila Naruto mula-mula menggunakan chakra Kyubi, Naruto belum mampu mengawalnya menyebabkan kemarahan dalamannya menguasai minda Naruto. Lama kelamaan, Naruto berupaya mengatasi masalah tersebut. Tetapi, jika emosinya terganggu, Naruto mungkin akan menggunakan lebih banyak chakra menyebabkan Kyubi menguasainya dirinya semula.
Naruto menjadi lebih berkuasa dengan pertambahan bilangan ekor perisai chakra Kyubi (setakat ini di Malaysia, bahagian ini hanya boleh dilihat dalam manga). Sehinggalah ekor yang ketiga, Naruto masih sedar tetapi tindakannya lebih buas. Dia mula merasakan kesakitan sebagai akibat kuantiti chakra yang terlalu besar. Apabila Naruto mencapai tahap ‘empat ekor’, Kyubi mendominasi. Minda Naruto bercampur dengan minda Kyubi. Bagi orang lain yang menyaksikan perubahan ini, Naruto kelihatan seperti mini-Kyubi.
Chakra Kyubi adalah jauh lebih kuat dan bahaya daripada chakra manusia biasa. Apabila Naruto menggunakan chakra Kyubi, tubuh asalnya menjadi kian lemah. Pada peringkat ‘empat ekor’, chakra Kyubi terlalu hebat sehingga mampu membakar kulit Naruto menyebabkan darah mengalir daripada setiap liang roma. Sementara itu, chakra Kyubi sentiasa memulihkan semula tisu rosak Naruto. Kitar dicederakan-dan-dipulihkan-semula melemahkan Naruto dan secara amnya memendekkan jangka hidup Naruto.
